Jabatan Sains Kolej Matrikulasi Kedah diketuai oleh seorang Ketua Jabatan.
Terdapat tiga unit akademik di bawah Jabatan Sains:
(a) Unit Biologi
(b) Unit Fizik
(c) Unit Kimia
Terdapat satu unit bukan akademik di bawah Jabatan Sains iaitu Unit Makmal Sains.