Kolej Matrikulasi Kedah mempunyai 19 buah makmal sains yang melengkapi prasarana kolej bagi perlaksanaan mata pelajaran teras PST dan PDT. Makmal sains ini adalah merupakan asas penting bagi melahirkan golongan lepasan matrikulasi berteraskan sains yang mahir dalam penguasaan amali serta kemahiran manipulatif penggunaan radas dan bahan kimia.

Perjalanan makmal sains adalah di bawah kawal selia Jabatan Sains, Ketua Unit (Kimia, Biologi dan Fizik).

Makmal Kimia menempatkan semua modul dalam jurusan sains PST dan PDT  iaitu Modul 1, Modul II dan Modul III
LS, LD dan LT (PDT)

Makmal sains dibahagikan kepada 3 Unit iaitu

    7 buah Makmal Kimia        
    5 buah Makmal Biologi
    7 buah Makmal Fizik